Sekolah Tinggi Filsafat Teologi (STFT) Gereja Kristen Injili (GKI) Izaak Semuel Kijne (I.S. Kijne) selanjutnya disebut STFT GKI I.S. KIJNE Jayapura
Sejarah pusat pendidikan teologi di Papua bermula dari Serui, tatkala pendidikan Guru Jemaat (RAZ= Rotterdam Aan Zee ) dan pendidikan guru (ODO= Opleiding Dorpschool Onderwijs) yang dikelola oleh Badan Zending UZV menjadi embrio berdiri Sekolah Pendeta, sejak tahun 1954. Sekolah Tinggi Filsafat Teologi GKI Izaak Samuel Kijne Jayapura atau STFT GKI didirikan pada tanggal 21 September 1954 dengan nama Sekolah Pendeta / Sekolah Teologi.
Pada tahun 1966, Sekolah Pendeta diubah menjadi Perguruan Theologia dengan lama pendidikan 6 (enam) tahun. Tanggal 17 Februari 1971, Perguruan Theologia diubah namanya menjadi Sekolah Tinggi Theologia (STT).
Kehadiran Sekolah Telogia pada waktu itu untuk mempersiapkan pendeta bagi organisasi Gereja Kristen Injili di Tanah Papua yang didirikan dua tahun setelah pendirian Sekolah Pendeta/Sekolah Teologia.
Pada tahun 1984/1985, Program Sarjana Muda Theologia dihapuskan dan ditingkatkan menjadi Program Studi Stratum Satu Ilmu Teologi; dan pada tahun 1984, Jurusan Pendidikan Agama Kristen (PAK) pertama kali dibuka dengan Program Diploma Dua (D2) dan Diploma Tiga (D3). Pembukaan jurusan PAK berawal pada saat Departemen Agama Kristen Provinsi Papua membuka jaringan kerja sama untuk mempersiapkan guru-guru agama Kristen untuk dipakai di seluruh Tanah Papua.
Pada tanggal 29 April 1987, Program Studi PAK memperoleh status terdaftar pada Departemen Agama RI. Kemudian dibuka Program Magister untuk meningkatkan kemampuan berteologi para alumni dan non alumni agar mampu menjawab kebutuhan gereja dan masyarakat.
Sekolah Tinggi Filsafat Teologi (STFT) GKI Izaak Samuel Kijne Jayapura memiliki 4 program studi :
- S-1 Ilmu Teologi
- S-1 Pendidikan Agama Kristen
- S-2 Misiologi
- S-2 PAK